马来西亚兴安会馆总会成立于1969年，至今已屆50年，星移物換，人事几番更新，在历经我国时事种种变迁与建国各階段的过程中，肩负敦睦乡谊，促进本国文化、教育及工商，谋求社会福利等使命。在先贤及历屆总会长已故拿督林金树局绅、已故丹斯里拿督童玉锦局绅、已故拿督陳仁华、已故陈兰、已故拿督斯里郑天祥、卢金峰、拿督斯里王荣丰局绅、拿督翁清玉、现任总会长拿督斯里吴金华的领导下，配合众理事及全国各地乡长群策群力，任勞任怨，苦心经营，精心策划下，建立了今日的基业，造福乡亲，为社会及国家作出积极的贡献。
本总会屆今共有34个属会遍佈東、西马，每年举行一次全国兴安代表大会，常务暨理事会议则每年召开3次，以检讨和策划会务活动。会议由各属会轮流承办，主办的属会都会作出精心策划和妥善的安排，而全国各地的同乡都会热烈出席会议，大大加強了兴安同乡的了解和团结，有力的推展兴安事业。
促进教育事业是本总会成立的宗旨之一，1973年，在拿督林金树局绅的领导下，与总务徐福隆局绅及財政拿督童玉锦局绅，配合众理事，发起筹募大专贷学基金运动，幫助清寒子弟，进入大专深造，提高教育水准，为国家社会培育英才。拿督林金树局绅、徐福隆局绅与拿督童玉锦局绅，更以身作则，出钱出力，联袂奔走於東西马之间劝捐，同乡反应热烈，成绩斐然，成功筹获一百万元大专贷学基金，三位乡长劳苦功高，被同乡誉为 “兴总三剑客”。1976年，本总会开始颁发大学贷学金，至今，总会大学贷学基金已逾马币700万令吉，受惠子弟732人，而学成归来，投入国家建设行列者，也有700名，成功協助国社栽培人才。
本总会领导层非常注重接班人的培育，於1982年成立了兴总青年团。在各属会团员的同心協力之下，积极策划，展开了许多有益身心之健康文化、体育、娱乐活动，成为本总会的一支生力军。于1989年成立兴总妇女组，选出第一屆兴妇总妇委会，与兴青总团成为本总会推动活动的左右手。兴安妇总成功在全国各地举办许多提升妇属组。
为了发扬守望相助的精神，凡属会建筑或购买新会所，本总会一律拨款赞助，并致函各属会征求捐献建筑基金，俾使属会在发展会务上无后顾之忧。
本总会自成立以來，一直都是借用马六甲兴安会馆及雪隆兴安会馆的地方办公，于1999年，理事会決定发起筹募购买会所基金运动。理事们在百忙之中放下自己的私务，访问了全国所有属会，在短短两三个月的时间內，就达到筹款指标，成功购买一棟位於吉隆坡怡保路的4 层楼建筑为新会所。新会所虽然不是很宏偉，但地点适中，设备具全，在推展会务及展开活动方面，提供了许多方便，在联络同乡的情谊，促进了解与加強团结等，起着积极的作用。
2001年4月20日，拿督林金树局绅与世长辞。拿督林金树局绅领导兴总长达20年，使東西马33间兴安会馆紧紧团结于总会旗下，凝聚乡情，促进教育及推东青年和妇女活动方面，居功至伟，被尊称为“马來西亞兴安之父”。为了宏扬他的爱会爱乡，热心公益的博爱精神，总会于2003年设立《拿督林金树精神奖》，以提升个人或团体的服务素质、至今已连办了18屆颁发精神奖的活动。
本总会于2008年由时任总会长拿督王荣丰局绅发起，设立「兴总博爱福利基金」，旨为举办慈善工作，施济贫病，扶危济困，救灾恤难，造福社会弱势群体，体现博爱精神，实现一人有难，众人相助的文明社会。
历年来，从「兴总博爱福利基金」拨款赈济资助的事项有2011年南马大水灾﹑2014年东海岸大水灾﹑同乡医疗费等。
2013年，由时任总会长拿督翁清玉主催，邀请马来亚大学马来西亚华人研究中心帮忙进行马来西亚兴化人各领域的资料收集与研究工作，建构一个“兴安宇宙”，一个完整的马来西亚兴化人社群资讯和知识，包涵当中各阶层的主要人物、组织、建筑物、非物质文化和历史，藉此维系此社群成员的认同感，代代相传。
研究成果，于2015年出版了《兴总三剑客》，特点以大量的第一手资料收集、多人次的深度访谈和实地调查，介绍马来西亚兴安总会的三位主要创办人的生平与功绩，同时介绍他们参与的属会，首次兴总出版物有国际书号。
2019年出版兴总丛书之二《马来西亚兴化群贤录》，目的为报道马来西亚兴化族群在政经文教表现卓越，并有特出贡献者，编写他们的成功专录，让后辈可以感恩兴化前人对社会的贡献，懂得饮水思源，切勿忘本，并能够以前辈的奋斗史为楷模，学习前辈们的良好精神。
目前，正着手出版兴总丛书之三《马来西亚兴化宗教巡礼》，是一本照片书，内容介绍涵有兴安文化的马来西亚宗教场所，推广认识马来西亚兴化社群的精神面貌和宗教文化遗产，也借此推广人文旅游。
2018年，总会改选后，新届理事会通过接纳新任总会长拿督斯里吴金华的建议，设下6大纲领推进会务发展:
本总会的会务活动在诸位理事的精诚合作下，都顺利展开和进行。这一路走来，本总会办过的活动有拜访全国各属会以增进总会和属会之间的情谊、拜访海外同乡会如中国、台湾、印尼、新加坡、香港、澳门、泰国等以加强联系；举办《马中兴安青少年夏令营/冬令营》交流活动，以让马中两国青少年在活动中体会彼此的不同文化风俗；出版会讯，报道总会之会务活动供同乡们参考，以促进同乡会员对总会之了解，刊载属会动态，以收互相切磋交流之效等。
本总会除了本身的活动也参与由大马福建社团联会主催，联合大马福州总会、大马永春联会、大马南安联会、大马安溪总会、大马晉江联会、大马惠安联会、大马龙岩联会、大马同安金门厦门联会及大马德化总会联会，每年轮流主办《全国福建乡亲新春大团拜》，本总会自2002年开始至今，已经轮值主办了两次，在福建同乡大团结上略尽棉力。
兴总50年风雨兼程，自强不息，這50年來孜孜致力团结同乡、促进教育、发展经济、注重青年、推动妇运，已付出不少的心思和精力，也取得一些成就，这些表现可说是获得历屆理事会努力推动，以及各属会大力支持的成果。
今后，本总会仍须自我惕厉和鞭策，强化组织与管理，创新改革，建立新的社团意识，加速新一代领导人的培育，引导整个组织和现代社会接轨，迈向社会发展的主流。